同班同学第二部全集动画剧情与同班同学第一部无连接关系,主角贵明是一个高中一年级的男生,父母决定公派出国,家里只留下了他一个人。他的妈妈拜托住在隔壁的青梅竹马木实照顾他。贵明有一个很奇怪的病症——女生恐惧症,但是他不恐惧木乃美,因为他一直把木实当作妹妹看待!一段“兄妹”之间的感情再度开始……
同班同学第二部全集动画海报